我们的 DNA 是对我们一切进行编程的编码。现在它被用来编码视频和操作系统。本周《科学》杂志的一项研究表明,DNA 密度高、耐用性强,每克 DNA 可以存储 200 PB(200,000,000,000,000,000 字节或约 200,000 台笔记本电脑)。专家表示,如果成本不是问题,DNA 可能是信息爆炸时代一种很有前途的存储解决方案。 哈佛大学的研究人员在 2012 年存储了一本 5 万字的书。大约在同一时间,欧洲生物信息学研究所存储了莎士比亚十四行诗和“我有一个梦想”演讲的音频片段等内容。但这项最新研究的特殊之处在于,它使用了一种编码技术,不仅使存储效率提高了 60%,而且对错误也更具有鲁棒性,哥伦比亚大学计算机科学教授、纽约基因组中心核心成员 Yaniv Erlich 说。 埃利希说,一旦你搞清楚了如何编码,或者要合成或将数据写入哪种 DNA,剩下的就很简单了:一家公司可以负责制造实际的 DNA。“数据只是 0 和 1 的流。DNA 基本上只是四个核苷酸的序列。你需要将这些核苷酸映射到这些位对中,”埃利希说。 但 DNA 合成可能是一件棘手的事情。2012 年哈佛论文的主要作者、现任加州大学洛杉矶分校生物化学教授 Sri Kosuri(未参与最新研究)表示,“最大的问题是,大约 5% 或更少的时间里,随机的 DNA 片段会丢失。” “DNA 很难合成,而且由于某种原因很难读出,”Kosuri 说,“所以如果你能使用一种对丢失具有强大防御能力的代码,DNA 存储就会变得更容易、更干净。” Kosuri 表示,这正是 Erlich 的论文所展示的——该方法可以容忍 DNA 合成过程中的缺陷。研究人员通过应用一种特殊的编码技术实现了这一点,这种技术通常会转换通过连接中断的渠道发送的数字信息,例如手机上播放的 Youtube 视频。Erlich 表示,他们的结果表明,这种编码技术可以处理质量远低于他们在研究中使用的 DNA。“我们仍然可以得到我们需要的结果并正确检索信息。” 研究团队成功地在 DNA 中存储并恢复了一个操作系统,苏黎世联邦理工学院的化学工程师罗伯特·格拉斯 (Robert Grass) 表示,这是“一件优雅的事情”,他没有参与这项研究。“作为日常用户,我知道它必须是无错误的,”格拉斯说。 埃利希表示,他们特意在其中加入了操作系统:“我们想要表明,我们不怕放入一些东西,如果我们不能完美恢复文件,那可能就彻底完蛋了。” Kosuri 同意该论文的方法是有效的。“我认为他们做了正确的实验来测试算法。他们选择了正确的算法,而且看起来有效。” 但科苏里表示,就像五年前他们首次将数据存储在 DNA 中一样,它仍然贵得离谱。“费用可能高出百万倍,根本无法在任何事情上具有竞争力,”科苏里说。 在这项研究中,研究人员花费了近 10,000 美元来编码仅仅 2 兆字节的数据。这相当于 10 台 Macbook Air 的价格,相当于一张旧式 3.5 英寸软盘的数据存储量。 Kosuri 说,尽管新方法可以通过允许我们使用“非常糟糕的 DNA”来降低一些合成成本,但成本仍然高得离谱。 关于成本,格拉斯表示,DNA 合成的成本比测序的成本要高。“测序的成本对于应用来说仍然太高,但随着纳米孔等可以插入计算机并测序 DNA 的技术的出现,成本正在不断下降,”格拉斯说。“合成的成本则更低。” 格拉斯表示,如果我们想将信息以 DNA 形式保存数百年,我们需要采取额外措施来稳定 DNA。格拉斯解释说,与骨骼和化石中封存的遗传物质不同,游离 DNA 并不稳定。如果你只是把它放在实验室里,它只能保存一年,之后信息就会开始丢失。 尽管成本高昂,但密度和可行性仍然使 DNA 存储比其他具有类似特征的新技术更具吸引力。“这里的信息存储密度与将单个原子定位在表面上等同,”Kosuri 说,他指的是 1989 年的一项研究,其中 IBM 的拼写为 35 个氙原子。 “你可以做类似的事情,但它是在接近绝对零度的真空环境下完成的,并且具有 [出色的] 成像效果,”科苏里说。“这是一项具有竞争力的技术。[DNA 存储] 比这实用得多,但比起我们 [通常] 想到的其他东西,比如软盘或记忆棒,实用性要差得多。” DNA 还允许你以 3D 形式存储。全息术和赛道记忆是实现此目的的其他方法。但根据 Kosuri 的说法,DNA 的“密度仍然高出许多倍”。 因此,在《科学》杂志发表这篇论文后,科苏里表示,唯一阻碍 DNA 存储大规模应用的因素就是成本。“关于密码的所有其他问题,比如它们是否有效,它们是否可靠,所有这些问题似乎都在这篇论文中得到了解答。我心中唯一剩下的问题就是成本问题。” 尽管科苏里本人不再研究 DNA 存储,但他仍然对该技术未来的发展持乐观态度。“一百万倍听起来很多,但在过去 15 年里,我们的成本已经降低了约一百万倍。不仅仅是测序,合成部分也下降了不少,”科苏里说。 Erlich 的愿景是,未来人们可以创建“一种专门用于 DNA 存储的流程,可以进行快速而简单的 DNA 合成”,以进一步降低成本。 “我们可以吃掉这些半生不熟的蛋糕,并按照我们的编码策略正确获取数据,”Erlich 说。“这就是我们希望在未来进行实验的东西。” 这项研究是一个良好的开端。研究人员存储和恢复的数据都容易出错:操作系统、计算机病毒、价值 50 美元的亚马逊礼品卡、一部 1895 年的法国电影(《火车抵达拉西奥塔》)、一块先驱者牌匾,以及信息理论家克劳德·香农 1948 年的一项研究。 “人们会说,‘你怎么能把视频放进 DNA 里?’”埃利希说。“我不得不向我六岁的儿子解释这一点。” “它激发了人们的想象力。这就是我们想做的,对吧?我们希望让公众参与到科学的有趣一面。” |
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