对 COVID 的“初步研究”出人意料地扎实

在新冠疫情爆发之前，同行评审是科学出版的核心。为了让研究成果成为科学知识的载体，研究人员需要将论文提交给学术期刊，然后期刊会将论文发送给其他专家进行编辑和修改，然后再发表。

但这个过程并不适合新冠疫情的紧迫性，因为早期的研究可以挽救生命。同行评审通常需要数月时间，而且需要审查论文的科学家付出大量无偿劳动。2020 年初，越来越多的科学家开始在开放获取数据库（称为预印本服务器）上发布研究成果，而这些预印本尚未经过正式审查。

新的研究表明，科学规范在预印本服务器上仍然有效。正如医生兼记者 Trisha Pasricha 上周末在《华盛顿邮报》上所写，“当一群作者将任何研究成果公之于众时……他们就将自己的声誉置于危险之中。”

预印本在新闻中通常被称为“初步研究”，此前在基因组学和神经科学等早期采用领域已经越来越受欢迎——但疫情的时间压力让它们更显重要。在疫情爆发的第一年，预印本服务器托管了 7,000 篇 COVID 论文，而期刊发表了约 12,500 篇正式论文。（两者之间有部分重叠。）与许多期刊不同，预印本服务器可供任何人免费访问，研究人员无需付费即可在上面发表文章。许多早期论文最终都会经过同行评审：两家关键预印本服务器的联合创始人最近在 Twitter 上写道，2020 年所有 COVID 预印本中有一半现已正式出版。无论如何，预印本已成为 COVID 科学研究和媒体报道的核心。

这一直是争议的根源。对于预印本的批评者来说，它们是可疑科学的宝库。“它的局限性在于，任何白痴都可以在没有出版前同行评审的平台上发表任何愚蠢的东西，”一位前期刊编辑上个月对纽约时报的一位专栏作家说。但根据（同行评审的）期刊PLOS Biology分享的两项新分析，预印本作为一个整体包含与同行评审研究相同的大部分信息和解释。

在一篇论文中，一位计算生物学家开发了一种工具，用于分析数千份疫情前的预印本和同行评议论文，以查找语言差异。在第二篇论文中，一组科学家手动检查了 2020 年 12 月至 2020 年 4 月期间以预印本和同行评议形式发表的所有 184 篇论文。

两项分析都发现，预印本和已审阅出版物之间的变化很少涉及论文结论的全面修改。大多数时候，研究人员只发现很小的语法编辑。“我认为我们的研究结果确实促使人们重新评估同行评审的作用，”威廉哈维研究所免疫学博士后研究员、第二篇评论的作者乔纳森·科茨说。“投入到同行评审中的时间和金钱（包括科学家和纳税人）是否值得？”

对于大规模计算分析，宾夕法尼亚大学医学院博士生 David Nicholson 首先提出了一个宽泛的问题：“人们如何使用预印本？”但 Nicholson 的团队很快意识到，他开发的工具也可用于衡量同行评审对科学写作的影响。“同行评审耗时又长，但它是否也等同于我们可能在论文中看到的变化？”他说。

尼科尔森的团队将美国国立卫生研究院开放获取研究图书馆中的 300 万篇文章与预印本服务器 BioRxiv 上截至 2020 年 2 月发表的 98,000 篇文章进行了比较。（BioRxiv 及其医学专用分支 MedRxiv 托管了绝大多数 COVID 预印本。）他们还将预印本与已发表的版本进行匹配，以分析其中的变化。

“David 发现，改变的是排版标记，如加号或减号、破折号，以及‘附加’、‘补充’和‘文件’等词语，”科罗拉多大学医学院计算生物学家、论文作者 Casey Greene 说道。“这表明人们在发表文章时可能不会对文本进行大幅度修改，他们只是为关键主张添加了额外的支持，然后对内容进行排版。”

与此同时，第二次更细致的审查显示了这些小变化在实践中的表现。科茨的团队发现，只有一例作者在同行评审期间推翻了结论，尽管 17% 的新冠论文和 7% 的非新冠论文的结论有“重大变化”。科茨说：“我们确实注意到预印本和论文之间的区别之一不是结论的不同，而是结论的措辞方式。”例如，名词会被换掉，或者确定性会被降低。科茨补充道：“同行评审的过程就是说，是的，你是对的，但你的语言要稍微低调一些。”

科茨和他的合著者认为，重点不是突然相信预印本的可靠性。而是要同样愿意质疑同行评议的工作。“你应该像信任预印本一样信任同行评议的文献，”他说。“我认为这只是常识。每当你阅读一篇论文时，你都应该进行自己的同行评审；你应该询问其他人的想法。”

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MedRxiv 和 BioRxiv 确实会筛查抄袭、不科学和明显造假的作品。诸如预印本评审俱乐部（一群来自各大学的早期免疫学家）之类的项目也纷纷涌现，为尚未正式发表的作品提供标准化评审。

“最终目标是让 [出版] 成为一个更具协作性的项目，让整个科学界受益，”牛津大学免疫学家、预印本俱乐部协调员 Ester Gea-Mallorquí 表示。“我们的目标是为这个独立且更透明的审查过程做出贡献，提供反馈和建设性的批评。”

Gea-Mallorquí 表示，根据她的经验，“大多数预印本在上传时就已经定稿了。”但她表示，看到如此小的改动还是很令人惊讶——这应该会鼓励出版过程更加开放。

同行评审也并非总是完美的盾牌。一篇关于羟氯喹治疗新冠肺炎的论文发表在《国际微生物学杂志》上，该论文现已被揭穿，但被广泛引用。该过程的目的是过滤掉抄袭或错误的逻辑，而不一定是为了确定正确的答案。

在疫情期间，科学期刊在某些方面做出了调整。与 COVID 相关的研究的出版时间缩短了，Coates 表示，审稿人不太可能要求提供额外的实验和结果，因为他们意识到在封锁期间很难进入实验室。著名期刊出版商 Taylor & Francis 也开始向潜在作者出售“加速出版”选项——文章提交后三到五周内出版，收费 7,000 美元。

最终，预印本服务器将决策权从科学期刊手中夺走，交给研究人员。“当研究成果被分享时，这种权力就转移了，”科茨说。“科学家自己做决定，而不是等待编辑和一些随机的同行评审员说这是可以分享的。”

这对像他这样的早期职业研究人员来说尤其有价值。“[预印本服务器] 在完成研究和发表之间的一年内完成，这样我们就可以申请资助，”科茨说。更重要的是，它们让更广泛的受众能够接触到研究成果。“这对普通大众来说也很好，因为如果你对某项研究感兴趣，你可以真正阅读它，而不是支付高达 10,000 美元才能在期刊上阅读，”他解释道。

不过，Gea-Mallorqui 表示，预印本的即时性也可能存在缺点：“作为该领域的专家，我们在查看预印本时确实已经过滤掉了更重要的预印本。”尽管预印本服务器已经迅速删除了误导性研究（她以最近的“deltacron”论文为例），但它们仍可能在媒体上引起轰动。

这两篇PLOS Biology论文本身就证明了预印本可以改变科学对话的性质。去年春天，两个团队将他们的研究成果以预印本的形式发布在 BioRxiv 上。为了避免重复彼此的工作，他们决定同时发表更宏观的研究成果。

科茨说，如果没有那次合作，他的团队的工作很可能就不会得到正式的同行评审：他们没有钱支付出版费，而格林的实验室最终愿意承担这笔费用。

更新（2022 年 2 月 3 日）：此故事已更新，包含一位并非这两篇新预印本分析作者的研究人员的评论。